Seurakunnan ylin päättävä elin on seurakuntavaaleissa nelivuotiskaudeksi valittava kirkkovaltuusto. Salon kokoisessa seurakunnassa valtuustoon kuuluu 33 jäsentä. Valtuusto päättää mm. talousarviosta, toimintasuunnitelmasta ja rakentamisista sekä perustaa virat ja valitsee osan työntekijöistä, esimerkiksi kappalaiset ja kanttorit.
Kirkkoneuvosto on valtuuston valitsema elin, joka johtaa seurakunnan toimintaa, hallintoa ja taloudenhoitoa, hyväksyy sopimukset sekä valitsee useimmat työntekijät ja viranhaltijat. Neuvostossa on 12 jäsentä, puheenjohtajana on kirkkoherra.
Salon seurakunnassa toimii kirkkoneuvoston alaisena kuusi johtokuntaa: aluetyön, diakoniatyön, kiinteistö- ja hautaustoimen, lähetystyön, lapsityön sekä nuorisotyön johtokunnat. Aluetyön johtokunnan apuna toimii kullakin alueella oma alueneuvosto.
Musiikkityöllä, sairaalasielunhoidolla ja perheneuvonnalla on kullakin neuvottelukunta. Lisäksi seurakunnassa toimii tarvittaessa erilaisia toimikuntia ja työryhmiä.