Kuusjoen puinen, aluksi saarnahuoneena toiminut kirkko valmistui vuonna 1823. Ajan tavan mukaan se rakennettiin pitäjäläisten voimin ilman sen kummempia suunnitelmia. Perimätieto kertoo töitä johtaneen Malinin antaneen ohjeeksi "Hirt pääl vaa, jos korkja kirkko tahrota".

Kirkko on tyyliltään torniton pitkäkirkko, johon liittyy runkohuonetta matalammat kylkiäiset. Eteläpäässä on matala ja kapea eteinen, ja itäpäässä matala sakaristo.

Alkuperäiset hirsiseinät kirkon sisäpuolella olivat paljaana vuoteen 1889 asti, jolloin ne paneloitiin ja lattiat uusittiin. Vuonna 1897 tehtiin perusteellinen korjaus, jossa seinät laudoitettiin kapeilla ponttilaudoilla. Sisäväritys uusittiin vuonna 1937 Elsi Borgin suunnittelemana. Samana vuonna tehtiin korjauksia niin sisällä kuin ulkona mm. itäpäähän lisättiin matala sakaristo ja lattiat uusittiin.

Alttari uusittiin laudoista vuonna 1897. Sen päällä on yksinkertainen uusgoottinen alttarinkehystys. Alttaritaulun aiheena on Kristuksen kirkastus ja sen on maalannut Alexandra Frosterus-Såltin vuonna 1909. Saarnatuoli hankittiin vuonna 1897, ja sitä yksinkertaistettiin vuonna 1937.

Kirkon alkuperäiset urut valmisti vuonna 1897 Albanus Jurvan urkurakentamo. Niiden julkisivu on säilytetty, mutta nykyisen koneiston ja pillistön on valmistanut Veikko Virtasen urkurakentamo vuonna 1973.
Kuusjoen kirkon urkujen tarkemman esittelyn voit lukea täältä.

Kellotapuli valmistui vuonna 1882. Sen ulkoasussa päätettiin noudattaa Uskelan vanhan emäkirkon tapulin mallia. Tapuli on kaksinivelinen ja sen runko noudattaa perinteistä mallia, mutta yksityiskohdissa ja ääriviivoissa on nähtävissä uusgotiikan vaikutusta. Tapulissa on nykyisin kaksi kelloa, toinen vuodelta 1858 ja toinen vuodelta 1955.

Kirkossa on istumapaikkoja 250.