Entisen Halikon seurakunnan juuret ulottuvat aina 1300-luvulle, todennäköisesti vielä kauemmas. Täältä löytyy myös seudun vanhimpiin kuuluva kirkko, Halikon kirkko. Kirkonkylän keskeisellä mäellä sijaitseva Halikon kirkko näkyy hyvin kirkonkylää lähestyvälle. 

Vanhin säilynyt maininta Halikosta kirkkopitäjänä on vuodelta 1313. Vanhin tieto kirkkorakennuksesta on muutama vuosi myöhemmältä ajalta, vuodelta 1352. Nykyisen kirkon arvellaan valmistuneen noin 1440. Alun perin harmaakivestä rakennettu kaksilaivainen pitkäkirkko omistettiin Birgitalle, 1300-luvun pyhimykselle.

Suurimmat muutokset kirkkoon tehtiin vuosina 1813–1815, jolloin pitkäkirkko laajeni ristikirkoksi C. Bassin suunnitelmien mukaan. Viimeisimmässä perusteellisessa korjauksessa 1989–1990 kirkko maalattiin aikaisempaa valoisammaksi. Katonrajassa on samantyylinen koristelu, jollainen löytyi vanhojen maalikerrosten alta. Bassin piirustusten mukaista koristelua palautettiin myös saarnatuolin rungon peileihin. Penkkejä, valaistusta, sakaristoa ja urkuparvea uudistettiin ja vanhaa esineistöä konservoitiin. Kirkko sai vesijohdon, viemärin ja sähkölaitteet. Korjauksen jälkeen vietettiin kirkon 550-vuotisjuhlaa arkkipiispa John Vikströmin johdolla helluntaina 1990.

Halikon kirkon yhteydessä on järjestyksessään kolmas kellotapuli, joka rakennettiin vuonna 1773. Tapuliin hankittiin vuonna 1990 uusi kello rikkoutuneen tilalle. Siinä on teksti: "Tulkaa, sillä kaikki on valmistettu."

Alttaripöytä on vuodelta 1799, jolloin kirkkoa laajennettiin uudella kuoriosalla. Samana vuonna alttaritauluksi lahjoitettiin tuntemattoman tekijän öljymaalaus, keihäänpisto. Kirkon vanhinta esineistöä edustavat kuoriseinän krusifiksi ja sakariston oven viereen sijoitettu alttarikaapin osa, jotka ovat suunnilleen kirkon ikäisiä.

Urut ovat B. A. Thulen valmistamat vuodelta 1851. J. A. Zachariassen korjasi ne perusteellisesti 1879. Vuonna 1971 ne uusittiin 33-äänikertaisiksi. Vuonna 2002 urut huollettiin ja niiden sointia yhdenmukaistettiin. Kirkon äänentoisto uusittiin vuonna 2001.
Halikon kirkon urkujen tarkemman esittelyn voit lukea täältä.

Kirkkoon mahtuu 800 henkeä.